Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những chính sách quan trọng nhất giúp doanh nghiệp và cá nhân kinh doanh lấy lại dòng tiền bị “kẹt” trong chuỗi cung ứng. Năm 2025–2026, quy định hoàn thuế GTGT tiếp tục được cải cách mạnh mẽ theo Luật Thuế GTGT sửa đổi 2024 và hàng loạt nghị định mới, tạo điều kiện thuận lợi hơn nhưng cũng siết chặt hơn việc chống lạm dụng hoàn thuế.
1. Hoàn thuế GTGT là gì?
Hoàn thuế GTGT là việc cơ quan thuế trả lại số tiền thuế GTGT đầu vào mà doanh nghiệp đã nộp nhưng chưa khấu trừ hết (gọi là số thuế âm hoặc số thuế được hoàn). Ví dụ điển hình:
- Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa (thuế suất 0%) → được hoàn 100% thuế GTGT đầu vào.
- Dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư chưa có doanh thu → được hoàn thuế đầu vào.
- Doanh nghiệp mua nhiều tài sản cố định, hàng tồn kho → thuế đầu vào lớn hơn đầu ra.
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.
2. Các trường hợp được hoàn thuế GTGT
Theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi bởi Luật 48/2024/QH15) và Nghị định 126/2024/NĐ-CP, có 7 nhóm được hoàn chính:
| STT | Trường hợp được hoàn | Điều kiện chính | Tỷ lệ hoàn phổ biến |
|---|---|---|---|
| 1 | Xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ (bao gồm gia công xuất khẩu) | Có hợp đồng xuất khẩu + chứng từ thanh toán qua ngân hàng + tờ khai hải quan | 100% thuế GTGT đầu vào |
| 2 | Dự án đầu tư mới (giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động) | Đã đăng ký kinh doanh, có quyết định đầu tư, chưa có doanh thu | 100% (hoàn theo quý) |
| 3 | Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết | ≥ 300 triệu đồng | 100% nếu ≥ 300 triệu |
| 4 | Chuyển nhượng, giải thể, phá sản, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp | Có quyết định giải thể, phá sản… | Toàn bộ số thuế còn lại |
| 5 | Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ nhưng chuyển sang phương pháp trực tiếp | Khi chuyển đổi | Toàn bộ số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ |
| 6 | Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền | Theo kết luận thanh tra, kiểm tra | Theo quyết định |
| 7 | Hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có số thuế còn được hoàn | Từ 01/01/2026, áp dụng khi doanh thu > 200 triệu/năm và đăng ký khấu trừ | 100% nếu đủ điều kiện |
Lưu ý quan trọng từ 2026: Hộ/cá nhân kinh doanh có doanh thu > 200 triệu/năm nếu đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ sẽ được hoàn thuế GTGT tương tự doanh nghiệp.
>> Tham khảo: 5 rủi ro thường gặp khi kê khai thuế GTGT đầu vào cần đặc biệt lưu ý.
3. Quy trình hoàn thuế GTGT
Từ ngày 01/07/2025, toàn bộ hồ sơ hoàn thuế phải nộp qua Cổng dịch vụ thuế điện tử (etax.gov.vn) theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
Quy trình 5 bước:
- Nộp hồ sơ hoàn thuế (mẫu 01/ĐNHT kèm phụ lục) → trước ngày cuối cùng của tháng sau quý phát sinh hoàn.
- Hệ thống tự động phân loại:
- Hoàn trước – kiểm tra sau: xuất khẩu, dự án đầu tư mới, số thuế ≥ 300 triệu.
- Kiểm tra trước – hoàn sau: các trường hợp còn lại hoặc có dấu hiệu rủi ro cao.
- Cơ quan thuế ra thông báo chấp nhận/không chấp nhận hoàn trong vòng:
- 6 ngày làm việc (hoàn trước – kiểm tra sau)
- 40 ngày (kiểm tra trước – hoàn sau, có thể gia hạn thêm 20 ngày nếu phức tạp)
- Kho bạc Nhà nước chuyển tiền về tài khoản doanh nghiệp (thường 3–7 ngày sau khi có quyết định hoàn).
- Kiểm tra sau hoàn (nếu thuộc diện hoàn trước): trong vòng 1–3 năm.
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
4. Hồ sơ hoàn thuế GTGT cần chuẩn bị
Đối với hoàn thuế xuất khẩu (phổ biến nhất):
- Tờ khai hải quan (bản sao có dấu sao y)
- Hợp đồng xuất khẩu + phụ lục
- Hóa đơn GTGT đầu vào
- Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (L/C, T/T, ủy nhiệm chi…)
- Bảng kê hóa đơn chứng từ (mẫu 01-1/HT, 01-2/HT)
Đối với dự án đầu tư mới:
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
- Quyết định phê duyệt dự án
- Hóa đơn mua tài sản cố định, vật tư xây dựng…
>> Tham khảo: Các điểm mới khác từ Thông tư 32/2025/TT-BTC về hóa đơn điện tử.
5. Những thay đổi lớn từ 2025–2026
- Hoàn thuế điện tử 100%: Không nhận hồ sơ giấy từ 01/07/2025.
- Ngưỡng hoàn trước – kiểm tra sau tăng từ 300 triệu lên 500 triệu đồng (dự kiến Thông tư cuối 2025).
- Ứng dụng AI đánh giá rủi ro: Doanh nghiệp có lịch sử vi phạm, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp sẽ tự động rơi vào diện kiểm tra trước.
- Hoàn thuế cho cá nhân kinh doanh: Từ 01/01/2026, người bán hàng online, hộ kinh doanh lớn nếu đăng ký phương pháp khấu trừ và bị sàn TMĐT khấu trừ 1% GTGT sẽ được hoàn lại nếu chứng minh được đầu vào hợp lệ.
- Phạt chậm hoàn thuế: Cơ quan thuế chậm trả tiền hoàn sẽ phải trả lãi 0,03%/ngày (tăng từ 0,02%/ngày).
>> Tham khảo: Thời điểm lập hóa đơn điện tử.
6. Một số mẹo thực tế để được hoàn thuế nhanh
- Đảm bảo thanh toán không dùng tiền mặt 100% đối với hóa đơn ≥ 20 triệu.
- Hóa đơn đầu vào phải ghi đúng tên, địa chỉ, MST của doanh nghiệp bạn.
- Nộp hồ sơ đúng hạn (chậm 1 ngày cũng bị chuyển sang kỳ sau).
- Đối chiếu số liệu với cơ quan thuế hàng quý để tránh sai sót.
- Sử dụng phần mềm kế toán kết nối trực tiếp với Tổng cục Thuế (HTKK…) để giảm sai sót kê khai.
>> Tham khảo: Thủ tục phát hành hóa đơn điện tử.
7. Các trường hợp thường bị từ chối hoàn thuế
- Sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích.
- Hóa đơn đầu vào không có chứng từ thanh toán ngân hàng (trên 20 triệu).
- Doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế.
- Không có hàng hóa thực tế nhập kho (đặc biệt hàng xuất khẩu gia công).
- Chậm nộp tờ khai thuế GTGT quá 12 tháng.
Kết luận
Ngoài ra, quý độc giả có nhu cầu được tư vấn thêm về hóa đơn điện tử và đăng ký dùng thử phần mềm hóa đơn điện tử Einvoice, xin vui lòng liên hệ theo địa chỉ:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/