Hoàn thuế xuất nhập khẩu (chủ yếu là hoàn thuế GTGT) là cơ chế quan trọng giúp doanh nghiệp xuất khẩu giảm chi phí, tăng khả năng cạnh tranh trên thị trường quốc tế. Năm 2025, với sự hội nhập sâu rộng qua 19 FTA và chuyển đổi số hải quan, quy trình hoàn thuế được rút ngắn đáng kể: từ 40 ngày xuống còn 5-10 ngày đối với hồ sơ đủ điều kiện (theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 144/2024/NĐ-CP và Nghị định 73/2025/NĐ-CP). Theo Tổng cục Hải quan, năm 2024 hoàn hơn 150.000 tỷ đồng thuế GTGT cho xuất khẩu, dự kiến 2025 tăng 15-20% nhờ xuất khẩu phục hồi. Tuy nhiên, sai sót hồ sơ vẫn là nguyên nhân chính dẫn đến từ chối hoàn (chiếm 25%). Bài viết này phân tích quy định mới nhất, điều kiện, quy trình và lưu ý thực tiễn để doanh nghiệp tận dụng tối đa quyền lợi.
1. Cơ sở pháp lý và các loại hoàn thuế
Hoàn thuế xuất nhập khẩu được quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 (sửa đổi 2024), Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi 2024), Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP và 144/2024/NĐ-CP). Các loại hoàn thuế chính:
- Hoàn thuế GTGT đầu vào: Cho hàng hóa, dịch vụ dùng để sản xuất hàng xuất khẩu (Điều 13 Nghị định 134/2016/NĐ-CP).
- Hoàn thuế nhập khẩu: Cho hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu (hàng tạm nhập tái xuất, gia công, sản xuất xuất khẩu).
- Hoàn thuế xuất khẩu: Ít phổ biến, chủ yếu cho hàng xuất khẩu sau đó nhập lại (hàng trưng bày hội chợ, tạm xuất tái nhập).
Thuế suất hoàn: 100% số thuế đã nộp nếu đủ điều kiện. Từ 01/01/2025, bổ sung hoàn thuế nhanh cho dự án đầu tư mới tại khu kinh tế (Nghị định 73/2025/NĐ-CP).
>> Tham khảo: Quy định về hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia.
2. Điều kiện được hoàn thuế
Doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau (Điều 12 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi 2024):
| Điều kiện | Chi tiết năm 2025 | Ghi chú |
|---|---|---|
| Có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết | ≥ 300 triệu đồng (sau bù trừ đầu ra) | Dưới 300 triệu → khấu trừ chuyển kỳ sau |
| Hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất xuất khẩu | Có hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt ≥20 triệu | Thanh toán qua ngân hàng bắt buộc |
| Hàng tạm nhập tái xuất, gia công | Có hợp đồng gia công, tờ khai tạm nhập/tái xuất | Hoàn 100% thuế NK đã nộp |
| Doanh nghiệp ưu tiên (AEO) | Hoàn trước, kiểm tra sau | Thời gian hoàn chỉ 5 ngày làm việc |
| Hồ sơ đầy đủ, chính xác | Hóa đơn GTGT hợp lệ, chứng từ thanh toán ngân hàng | Sai sót → từ chối hoàn |
Từ 2025, bổ sung điều kiện xanh: Doanh nghiệp có chứng nhận carbon thấp được ưu tiên hoàn trước (theo Nghị quyết 174/2024/QH15).
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.
3. Quy trình hoàn thuế GTGT xuất nhập khẩu
Quy trình được số hóa hoàn toàn qua hệ thống VNACCS và eTax Hải quan từ 01/01/2025.
Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ (trực tuyến 100%)
- Tờ khai hoàn thuế (mẫu 02/HTXT).
- Bảng kê hóa đơn đầu vào (mẫu 01-1/HT).
- Hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan xuất/nhập.
- Chứng từ thanh toán ngân hàng.
- Báo cáo quyết toán thuế TNDN (nếu hoàn lớn).
Bước 2: Nộp hồ sơ qua Cổng thông tin điện tử Hải quan (customs.gov.vn) hoặc eTax.
Bước 3: Cơ quan hải quan tiếp nhận → Phân loại:
- Hồ sơ đủ điều kiện, không rủi ro: Hoàn trước 6 ngày làm việc.
- Hồ sơ cần kiểm tra: Hoàn trong 40 ngày (kiểm tra tại doanh nghiệp).
>> Tham khảo: Danh mục và Biểu mẫu chứng từ kế toán mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC áp dụng từ 01/01/2026.
Bước 4: Kiểm tra hồ sơ (tự động bằng AI từ 2025 → giảm 70% thời gian).
Bước 5: Quyết định hoàn thuế → Chuyển tiền về tài khoản doanh nghiệp qua Kho bạc Nhà nước.
Bước 6: Doanh nghiệp nhận tiền → Đối chiếu sổ sách.
Ví dụ: Doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản nộp 500 triệu thuế GTGT đầu vào → Hồ sơ đủ → Hoàn trong 10 ngày, nhận 500 triệu về tài khoản.
4. Thời gian hoàn thuế
| Loại hồ sơ | Thời gian hoàn | Điều kiện ưu tiên |
|---|---|---|
| Hồ sơ hoàn trước kiểm sau | ≤ 6 ngày làm việc | Doanh nghiệp ưu tiên AEO, không vi phạm 12 tháng |
| Hồ sơ thông thường | ≤ 40 ngày | Hồ sơ đầy đủ, không rủi ro |
| Hồ sơ kiểm tra tại chỗ | ≤ 60 ngày | Có dấu hiệu vi phạm |
Từ 01/01/2025, doanh nghiệp xuất khẩu công nghệ cao, xanh được hoàn trong 5 ngày (Nghị định 73/2025/NĐ-CP).
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
Kết luận
Ngoài ra, quý độc giả có nhu cầu được tư vấn thêm về hóa đơn điện tử và đăng ký dùng thử phần mềm hóa đơn điện tử Einvoice, xin vui lòng liên hệ theo địa chỉ:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/