Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là loại thuế gián thu phổ biến, được khấu trừ đầu vào để giảm nghĩa vụ thuế đầu ra. Từ năm 2026, các điều kiện khấu trừ thuế GTGT được điều chỉnh theo Luật Thuế GTGT sửa đổi (hiệu lực từ 01/01/2026), Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP hiệu lực từ 01/06/2025), Thông tư 32/2025/TT-BTC và các văn bản liên quan. Việc khấu trừ đầu vào ngày càng chặt chẽ hơn, đặc biệt khi kết hợp với bỏ thuế khoán (Nghị quyết 198/2025/QH15) và bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) cho nhiều đối tượng. Dưới đây là tổng hợp đầy đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào áp dụng năm 2026.
>> Tham khảo: Quy định về ủy nhiệm sàn thương mại điện tử lập hóa đơn.
1. Điều kiện cơ bản để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Theo Điều 14 Luật Thuế GTGT (sửa đổi) và Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 70/2025), thuế GTGT đầu vào được khấu trừ nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:
- Có hóa đơn, chứng từ hợp lệ:
- Hóa đơn GTGT hợp pháp, hợp lệ (file XML gốc, có chữ ký số nếu áp dụng, hoặc dữ liệu truy xuất đối với hóa đơn điện tử MTT).
- Hóa đơn phải ghi rõ thuế GTGT (thuế suất 0%, 5%, 8% hoặc 10% tùy hàng hóa/dịch vụ).
- Đối với hóa đơn điện tử không có mã: Phải có chữ ký số của người bán và dữ liệu đã truyền đến cơ quan thuế.
- Đối với hóa đơn điện tử MTT (bắt buộc với hộ kinh doanh/doanh nghiệp bán lẻ trực tiếp doanh thu ≥ 1 tỷ/năm): Dữ liệu theo thời gian thực, không cần chữ ký số thủ công nhưng phải có dòng chữ đặc biệt và tra cứu được.
- Hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT:
- Không được khấu trừ nếu dùng cho hoạt động miễn thuế GTGT, không chịu thuế GTGT hoặc mục đích cá nhân.
- Nếu dùng chung (cả chịu thuế và không chịu thuế): Phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế (theo Thông tư 32/2025).
- Thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn ≥ 20 triệu đồng (bao gồm thuế GTGT):
- Phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (chuyển khoản, thẻ tín dụng, ví điện tử liên kết ngân hàng…).
- Không áp dụng thanh toán không dùng tiền mặt cho: Hóa đơn < 20 triệu đồng, hóa đơn từ cá nhân không kinh doanh, một số trường hợp đặc biệt (xăng dầu, điện, nước… nếu dưới ngưỡng).
- Người bán phải kê khai, nộp thuế đúng quy định:
- Nếu người bán không kê khai/nộp thuế hoặc bị cơ quan thuế từ chối, đầu vào có thể không được khấu trừ (dù hóa đơn hợp lệ).
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.
2. Thời điểm khấu trừ thuế GTGT đầu vào
- Thời điểm khấu trừ: Kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đầu vào (tháng/quý), miễn là hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán (nếu ≥ 20 triệu) có trước khi nộp tờ khai.
- Hóa đơn bổ sung/điều chỉnh: Khấu trừ bổ sung trong kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh.
- Hóa đơn lập sai thời điểm: Vẫn được khấu trừ nếu chứng minh được giao dịch thực tế và đã xử lý sai sót theo Nghị định 70/2025.
3. Trường hợp đặc biệt năm 2026
- Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh:
- Doanh thu ≤ 500 triệu/năm: Miễn thuế GTGT → Không khấu trừ đầu vào.
- Doanh thu > 500 triệu/năm: Áp dụng phương pháp trực tiếp (tỷ lệ % trên doanh thu) → Không khấu trừ đầu vào theo cách thông thường, mà tính thuế GTGT theo tỷ lệ (ví dụ 1% cho phân phối hàng hóa).
- Nếu chọn phương pháp khấu trừ (đăng ký tự nguyện): Phải dùng hóa đơn điện tử đầy đủ và đáp ứng điều kiện khấu trừ như doanh nghiệp.
- HĐĐT MTT: Đầu vào từ MTT được khấu trừ nếu tra cứu được dữ liệu trên hệ thống thuế (hoadondientu.gdt.gov.vn).
- Giảm thuế GTGT 2%: Tiếp tục đến hết 31/12/2026 (từ 10% xuống 8% theo Nghị quyết 204/2025/QH15) → Áp dụng cho cả đầu ra và đầu vào.
>> Tham khảo: Quyết toán thuế thu nhập cá nhân từ 14/2/2026.
4. Cách kiểm tra và xử lý khi hóa đơn đầu vào không đủ điều kiện
- Kiểm tra hóa đơn: Tra cứu trên tracuuhoadon.gdt.gov.vn (nhập mã số hóa đơn, ký hiệu, ngày lập) → Nếu không tìm thấy hoặc “không hợp lệ”, không khấu trừ.
- Nếu thiếu chứng từ thanh toán ≥ 20 triệu: Không khấu trừ phần thuế GTGT tương ứng.
- Xử lý sai sót: Lập biên bản thỏa thuận, yêu cầu hóa đơn điều chỉnh/thay thế (linh hoạt theo Nghị định 70/2025).
- Phạt vi phạm: Khấu trừ sai → Phạt 20% số thuế khấu trừ sai (Nghị định 310/2025/NĐ-CP hiệu lực 16/01/2026), nhưng giảm nhẹ nếu tự khắc phục.
5. Lưu ý thực tế cho doanh nghiệp và hộ kinh doanh
- Lưu trữ file XML gốc ít nhất 10 năm.
- Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử uy tín (Thái Sơn Einvoice…) để tự động kiểm tra hóa đơn đầu vào.
- Doanh nghiệp nên yêu cầu người bán cung cấp file XML và chứng từ thanh toán ngay khi giao dịch.
- Đối với hộ kinh doanh chuyển sang kê khai: Nếu doanh thu lớn, cân nhắc đăng ký phương pháp khấu trừ để tận dụng đầu vào (liên hệ Chi cục Thuế để đăng ký).
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
Khấu trừ thuế GTGT đầu vào là quyền lợi quan trọng giúp giảm gánh nặng thuế, nhưng đòi hỏi tuân thủ nghiêm ngặt về hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán.
Năm 2026, với hệ thống kết nối realtime từ hóa đơn điện tử MTT và tra cứu dễ dàng, doanh nghiệp/hộ kinh doanh cần kiểm tra kỹ lưỡng để tránh rủi ro phạt và tối ưu nghĩa vụ thuế.
Kết luận
Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/